据透露，检调办案人员清查核对台“审计部”及“立委”移送的“府”方“国务机要费”的相关资料后，已比对出一批从2003年到2005年间没有实际汇款的问题发票，初步查出有二千万元以上；而且，这还不包括“府”方依“机密”为由，拒绝缴出的报销资料，办案人员预料随着持续清查，金额会逐步攀高。

　　报道说，“高检署”查黑中心与台“调查局”台北市调查处追查“国务机要费”的程序，系先“由发票追钱”，再“由钱追人”。首先便在“由发票追钱”的部分，即查出了该批问题发票。至于该笔“消失掉”的二千多万元究竟转到那里去了？办案人员下一步将“由钱追人”。

　　办案人员指出，根据台“行政院”及台“审计部”审计法对“国务机要费”的核销有相关的程序规定，只要是一万元以上的支出，都须要有买卖双方的发票来核销单据，这些规定当然也包括“国务机要费”在内。而“国务机要费”中会出现“有发票单据却没有入帐登录”，检调认为业者提供的发票，可能是作为“国务机要费”其他支出的冲销。业者涉嫌作假帐，台“总统府”官员则涉及“假消费、真核销”的贪渎、伪造文书等罪嫌。

　　据清查，“国务机要费”的发票问题重重，除了没入帐的单据之外，有些发票没有注记买受人，核销单据模糊不清，而这些开具问题发票的有君悦饭店、SOGO百货、国宾饭店、引雅、聚玉斋等多家公司，金额加起来在二千万元以上，而这些金额的支出是用何种名目？流向何方？检调将约谈上述业者深入追查。

　　检调指出，根据台“审计部”的说法，台“总统府”“国务机要费”每月四百万元，一年四千八百万元，扣除以机密为由的一半，2003到2005的三年，台面上尚有七千二百万元，金额确实庞大，目前仅初步清查出二千万元可疑发票，办案人员认为实际应不止此数，仍持续核查比对中。