北大及中科院团队发现新冠病毒存在两个主要谱系

发布时间:2020-05-11 13:04 来源:中国青年报客户端

北京大学供图

中国青年报客户端北京5月11日电(中青报·中青网记者 叶雨婷)今天记者从北京大学获悉,由中国科学院主办的英文综合性期刊《国家科学评论》发表了由北京大学生命科学学院陆剑课题组和中国科学院上海巴斯德研究所崔杰课题组合作撰写的论文《SARS-CoV-2的起源与持续进化》,对新冠病毒基因组的演化动态进行深入研究和解读。该研究最早提出了新冠病毒存在两个主要谱系,从基因组水平上加深了我们对这种新型病毒的认识,对新冠肺炎疫情的临床诊断具有重要参考价值。

陆剑课题组与崔杰课题组合作,通过对新冠病毒和近缘病毒进行系统发生分析,发现新冠病毒虽然与蝙蝠冠状病毒RaTG13的基因组总体差异较小(~4%),但其基因组内中性进化位点的差异高达17%,表明新冠病毒在进化过程中经历了非常强的自然选择。通过对新冠病毒和来自马来穿山甲的冠状病毒的核苷酸比较,推测新冠病毒与其分歧事件并非近期发生,也说明新冠病毒的起源可能更为复杂。

陆剑课题组与崔杰课题组通过对当时公共数据库中仅有的103个新冠病毒基因组全序列进行分子演化系统分析,首次发现依据两个高度连锁的突变位点(分别位于参考基因组的第8782和28144位),可以把新冠病毒主要分为“L”和“S”两个谱系,因基因组28144位突变对应的氨基酸分别是亮氨酸(L)和丝氨酸(S)而得名。在103个新冠病毒样品中,72 (~70%)个为“L”谱系,29 (28%)个为“S”谱系;在另外2个样品中,1例可能是L和S谱系的混合体,而另1例由于发生了突变而不属于这两个谱系。虽然“L”谱系比“S”谱系更为普遍,但是进一步分析表明,“S”谱系更接近在蝙蝠和穿山甲体内发现的病毒,提示“S”更为古老。

他们的数据分析还表明,新冠病毒的L和S两个谱系不是新近由于碱基发生变化而产生的,而是在病毒爆发的早期可能就已经存在了。陆剑介绍,“我们的研究从分子演化的角度加深了对新冠病毒的认识”。

在科研攻关过程中,陆剑课题组同国内相关领域的专家开展了科研合作。“中科院上海巴斯德研究所崔杰课题组长期从事病毒的演化工作,中国医学科学院病原生物学研究所钱朝晖研究员尤为擅长冠状病毒的功能和机制研究,是我们的‘活字典’;我们大家各展所长,通过微信等平台交流沟通,一起研究。”

新闻
思想者
共青团
视频